Fundada hace más de 60 años en la localidad de Panao, capital del distrito de Panao de la Provincia de Pachitea en el Departamento de Huánuco, es desde su fundación el Alma Mater de la provincia. Fue creada un 29 de noviembre del año 1960, mediante Resolución Suprema 525 bajo la denominación en ese entonces de "Centro Educativo de Menores de Secundaria", en los primeros años el colegio contaba con una sección única, que funcionaba en la sede de la Comisaría de la Policía Nacional del Perú en Panao, años mas tarde, se instalaría en su actual local en el Jr. Lima S/N en el barrio de "Chuncacuna".
El primer director del colegio fue el profesor Wenseslao Pacheco, y la primera promoción en egresar de las aulas tupacamarinas fueron 8 alumnos en el año de 1965, los cuales serían seguidos años mas tarde por promociones más numerosas. Es así que año a año la institución a ido desarrollándose, contribuyendo de forma real y efectiva en el desarrollo integral de la niñez y juventud panatahua, han pasado 60 años desde que un grupo de personas que aman la educación impulsaron la creación de la que ahora es la Institución Educativa Tupac Amaru II.